改编自华泽健娜的同名漫画，一度辉煌的日本忍者战后被GHQ解散组织消失了，但他们潜伏在世界所有机构，现代也在暗中活动，人数约为20万人。但是基层忍者经常找不到工作。其中一人云恩九郎隶属于忍者组织“尼”的末端忍者(忍耐)，过着与袋鼠人无异的生活。有一天，闲着的他被判处调查战后潜入地下70多年的一个组织动向的重大“斩首”。它的名字是“地下忍者”。忍术、智谋、最新技术等赶走了一切，史无前例的战斗现在开始了。